ドラマ「CODE-願いを叶えるアプリ-」は、主人公二宮湊人（坂口健太郎）が婚約者の七海悠香（臼田あさ美）の死の真相を追求し、謎のアプリ「CODE」との闘いに挑むストーリーです。物語は、二宮が七海にプロポーズしようとした矢先に岡山組の覚醒剤取引の情報を得て捜査を始めるところから始まります。
やがて、謎のアプリ「CODE」が登場し、願いを叶えるという噂が広まります。登場人物たちはそれを利用し始めますが、連続する爆破や急襲事件が彼らを襲います。二宮は七海の死の真相を追及し、CODEの秘密に迫ります。他の登場人物も彼と協力し、CODEの裏に潜む陰謀が明らかになります。
政府は対抗策「プロフェット」を実用化しますが、登場人物たちはそれにどのように立ち向かうか模索します。各登場人物は、自らの過去やCODEによって引き起こされる葛藤と向き合いながら成長していきます。
また、三輪円（松下奈緒）の息子・芯が登場し、母親との絆や政治家との対立が物語に追加の緊張を与えます。最終的に、復讐、真相の追求、CODEとの闘い、政治の陰謀が交錯し、感動的な結末へと導かれます。